所謂有毒物質(zhì)是指對(duì)微生物的生理活動(dòng)具有抑制作用的無機(jī)物質(zhì)及有機(jī)物質(zhì)，如重金屬離子、酚、氰等物質(zhì)。重金屬離子（鉛、鉻、鐵、銅等）對(duì)微生物產(chǎn)生毒害作用，它能夠和細(xì)胞的蛋白質(zhì)相結(jié)合，從而使其變性或沉淀。汞、銀、砷等離子對(duì)微生物的親和力較大能與微生物的蛋白質(zhì)的一SH基結(jié)合，從而抑制其正常的生理代謝功能。酚類化合物對(duì)菌體細(xì)胞膜具有損害作用，并能夠使菌體蛋白質(zhì)凝固。此外，酚又能使某些酶系統(tǒng)產(chǎn)生抑制作用，破壞了細(xì)胞正常的代謝功能。甲醛能夠與蛋白質(zhì)的氨基結(jié)合，而使蛋白質(zhì)變性，破壞了菌體的細(xì)胞質(zhì)。
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